Réponse des développeurs:
Ce n'est pas faisable dans mapserver.
On peut modifier le préfixe (ms) mais il n'est pas possible de le supprimer.
Il n'y a pas de problème de continuité de service à priori puisqu’avant la version 2.0 n'était pas supportée.

Une demande a été déposée (n° 11551)